1 设计人员素质参差不齐
目前，在国内的水利工程设计中，严重缺乏专业型的高素质人才，在职的设计人员在设计过程中无法正确地把握基础资料，比如在设计时对水资源、地质、气象和水文等信息，未仔细研究相关的基础资料，因此在设计中无法正确把握，导致设计中频繁出现问题。另外，设计人员对编制大纲理解不清，造成设计出方案与编制大纲的标准要求相差甚远。
2 设计内容存在缺陷
水利工程的设计内容对工程的执行和施工会造成直接的影响。水利工程设计内容不合理主要表现在图纸设计和工程单价分析不合理2 个方面，在图纸设计中普遍存在不规范、尺寸标注不明等问题，例如施工工艺的确定、机械型号的选择等，这些施工因素的不确定都会为具体的施工操作带来较大困难，同时也会对工程质量和施工进度造成直接影响。在水利工程设计中分析工程单价时，由于缺少相关的依据，分析不合理，或没有仔细研究市场的发展形势，便确定工程项目单价，甚至直接采用早期的工程项目单价，都会对工程的正常施工造成影响， 导致工程项目单价过高或过低，造成工程概算失真，严重影响了工程投资的准确性。
3 设计审核存在的问题
水利工程设计的审核阶段，是对水利工程设计科学性、合理性重要的审核过程。然而，由于部分设计单位片面的追求经济利益，以至于出现了人为影响或控制审核结果的情况，这不仅影响了水利工程审核的科学性，更是对水利工程事业不负责任的恶劣表现。鉴于这种情况的出现，使得设计审核工作失去了其存在的价值，对于水利工程设计问题的影响非常巨大。