（一）水文环境影响 建设水利工程的时候，基本上就是根据实际情况的需求，对原来天然河道结构与水文条件进行改变，进而开展施工的过程。在天然河道基础上进行水利工程的施工，必然会影响水文环境。比如，在河道上进行堤坝建设，就会在一定程度上，减缓上游水流的流动速度，降低水体的自净能力；在增加水库容量的时候，必然会影响水温结构，导致水体密度、水中溶解氧、微生物、水生生物等出现变化，对下游河道产生一定的污染，导致鱼类生存与繁衍的环境发生改变；当水库中蓄水之后，必然会致使水库周围区域出现地下水水位上升的异常现象，出现土壤环境改变的问题。
（二）土地利用影响 在进行水利工程施工的时候，不仅会影响水文环境，还会占用一定的土地资源，产生相应的影响。在建设水利工程的时候，工程本身会占用一些土地资源，在施工的过程中，还会产生一些废渣，并且建设一些临时水利设施，这些均会占用一些土地资源，出现土地资源的极大浪费。在水利工程中，必然要进行土地的开挖与堆砌，如果不能进行有效的处理，那么必然就是对周边植被造成影响，出现水土流失、堵塞河道等情况。
（三）生态平衡破坏 在建设水利工程的时候，导致的另外一种生态污染就是生态平衡破坏。在水利工程施工中，一般都会对水生生物的生活环境产生影响，导致一些珍稀物种出现灭绝的情况，破坏了原来的生态平衡，也影响了原来的生态食物链，严重的情况，甚至还会出现瘟疫等灾害。