近年来，我国水利工程建设对生态环境造成了严重的破坏，使得当前生态环境的形势不容乐观，因此，实施水利工程建设中生态环境可持续性发展已经成为人们亟待解决的问题，主要从以下六个方面来加强我国水利工程建设，实现生态环境的可持续性发展。
1 完善生态环境影响评价体系
在进行水利工程建设的工程设计之前，需要勘察施工地点的周边环境，对水利工程中可能产生的影响进行全面的调查与合理的评估，在设计环节，坚持生态环境保护的设计理念，进一步拟定相应的防治手段来减少实际施工过程中的不良后果，制定科学的生态环境影响评估体系，实现施工前的有效预防。生态环境影响评估体系包括水利工程建设对经济和生态环境两者的评估结果，实现水利建设、经济建设、生态环境建设三者的共同协调发展。在水利工程的生态环境影响评价体系中，要对生态环境的实际价值进行评估，充分考虑社会、经济、生态环境效益等多方面的因素，进行水利工程建设的可行性分析，完善生态环境影响评价体系。
2 健全生态环境补偿体系
水利工程建设往往需要地方政府投入大量的资金，增加了政府的经济负担，同时，水利工程建设必然经历大兴土木的过程，也就是说，水利工程项目的施工会严重影响施工地点及其周边地区的经济和环境。生态环境补偿体系的建立是以将水利工程建设对生态环境造成的负面影响降到最低为基本目的。要以“谁破坏，谁治理”为基本原则，明确生态补偿机制的主体和具体界定的范围，能够有效缓水利工程建设中对经济和生态环境的损坏程度。要根据我国的具体国情和水利工程发展的特点，积极探索生态环境的损失成本计算以及对应的补偿手段，在生态环境补偿体系中，制定相关的法律法规约束水利工程对生态环境产生的负面影响，加强水利工程建设的法制建设，以补偿的方式来降低水利工程建设对生态环境的破坏程度，积极促进生态环境的再次平衡。
3 实现水利管理体制与社会市场经济协调发展
在建设水利工程的整个过程中，要严格遵循新水法中的规章制度，对工程周边地区的水资源进行统一、科学的规范管理，将水利管理与社会市场经济发展相结合，通过进一步的深化改革，完善水资源的流域管理体制，融入到行政管理中，制定规划取水许可政策，实现水资源的有偿使用和宏观调控，有利于水资源配置过程中的各个环节的统一管理，促进江河流域的生态环境可持续发展。
4 加强水利工程建设中的水土保持
水土流失对我国生态环境造成了严重的破坏。在水利工程建设的过程中，要特别注意水土流失问题，尽可能的遏制水土的流失。对于水土流失较为严重的地区，生态环境已经处于比较脆弱的状况，更加要注重水资源的合理利用，加强水土的保持，增加土地的生产力，减少水土流失，实现水资源的效益最大化。通过制定相关的法律法规，实现更加广泛的节约用水政策，建设节水型水利工程建设。
5 制定江河流域发展规划
我国经过几十年的流域整治工作，使得江河流域发展取得很好的成效。然而，我国社会市场经济的快速发展，促进了水利工程建设的大幅度增加，造成江河流域内的社会经济及自然条件都产生了巨大的变化，对水利工程建设也有了更高的要求。因此，要在对原来的江河流域的分析及评估基础上，能够掌握水利工程建设对自然的影响规律，制定新的江河流域发展规划，实现江河流域水资源的统一管理，促进生态环境的可持续发展。
6 建立交叉学科和技术相结合的支撑体系
水利工程设计人员要结合河流的演化过程、动植物繁衍和迁徙习惯、泥沙的运移规律、环境气候的变化等方面的知识，充分考虑水利工程建设中各个因素对生态环境保护的影响，有效的建立起交叉学科和技术结合的支撑体系，创新地制定科学的水利工程设计方案，有效避免水利工程建设对生态环境造成的破坏。
1 完善生态环境影响评价体系
在进行水利工程建设的工程设计之前，需要勘察施工地点的周边环境，对水利工程中可能产生的影响进行全面的调查与合理的评估，在设计环节，坚持生态环境保护的设计理念，进一步拟定相应的防治手段来减少实际施工过程中的不良后果，制定科学的生态环境影响评估体系，实现施工前的有效预防。生态环境影响评估体系包括水利工程建设对经济和生态环境两者的评估结果，实现水利建设、经济建设、生态环境建设三者的共同协调发展。在水利工程的生态环境影响评价体系中，要对生态环境的实际价值进行评估，充分考虑社会、经济、生态环境效益等多方面的因素，进行水利工程建设的可行性分析，完善生态环境影响评价体系。
2 健全生态环境补偿体系
水利工程建设往往需要地方政府投入大量的资金，增加了政府的经济负担，同时，水利工程建设必然经历大兴土木的过程，也就是说，水利工程项目的施工会严重影响施工地点及其周边地区的经济和环境。生态环境补偿体系的建立是以将水利工程建设对生态环境造成的负面影响降到最低为基本目的。要以“谁破坏，谁治理”为基本原则，明确生态补偿机制的主体和具体界定的范围，能够有效缓水利工程建设中对经济和生态环境的损坏程度。要根据我国的具体国情和水利工程发展的特点，积极探索生态环境的损失成本计算以及对应的补偿手段，在生态环境补偿体系中，制定相关的法律法规约束水利工程对生态环境产生的负面影响，加强水利工程建设的法制建设，以补偿的方式来降低水利工程建设对生态环境的破坏程度，积极促进生态环境的再次平衡。
3 实现水利管理体制与社会市场经济协调发展
在建设水利工程的整个过程中，要严格遵循新水法中的规章制度，对工程周边地区的水资源进行统一、科学的规范管理，将水利管理与社会市场经济发展相结合，通过进一步的深化改革，完善水资源的流域管理体制，融入到行政管理中，制定规划取水许可政策，实现水资源的有偿使用和宏观调控，有利于水资源配置过程中的各个环节的统一管理，促进江河流域的生态环境可持续发展。
4 加强水利工程建设中的水土保持
水土流失对我国生态环境造成了严重的破坏。在水利工程建设的过程中，要特别注意水土流失问题，尽可能的遏制水土的流失。对于水土流失较为严重的地区，生态环境已经处于比较脆弱的状况，更加要注重水资源的合理利用，加强水土的保持，增加土地的生产力，减少水土流失，实现水资源的效益最大化。通过制定相关的法律法规，实现更加广泛的节约用水政策，建设节水型水利工程建设。
5 制定江河流域发展规划
我国经过几十年的流域整治工作，使得江河流域发展取得很好的成效。然而，我国社会市场经济的快速发展，促进了水利工程建设的大幅度增加，造成江河流域内的社会经济及自然条件都产生了巨大的变化，对水利工程建设也有了更高的要求。因此，要在对原来的江河流域的分析及评估基础上，能够掌握水利工程建设对自然的影响规律，制定新的江河流域发展规划，实现江河流域水资源的统一管理，促进生态环境的可持续发展。
6 建立交叉学科和技术相结合的支撑体系
水利工程设计人员要结合河流的演化过程、动植物繁衍和迁徙习惯、泥沙的运移规律、环境气候的变化等方面的知识，充分考虑水利工程建设中各个因素对生态环境保护的影响，有效的建立起交叉学科和技术结合的支撑体系，创新地制定科学的水利工程设计方案，有效避免水利工程建设对生态环境造成的破坏。