随着我国新农村发展脚步的不断加快，传统节水灌溉工程中存在的问题也越来越多，主要体现在以下几个方面：
1 节水灌溉工程规划设计不合理
在对农田水利工程节水灌溉工程进行设计的时候，为了确保其能够满足新农村建设的需求，就必须结合农村发展的实际情况采取合理的规划措施。然而就我国目前节水灌溉工程的规划设计现状来看，一些设计人员在设计的时候过分依赖以往的勘察资料，而忽略了农村的发展脚步在不断加快，以往资料的参考性必然会降低，如果一味依赖以往资料，设计之前不对项目区内的种植结构进行分析，不对项目区的水质情况进行全面掌握，也不对项目区的土壤进行精确分析等，那么势必会导致节水灌溉工程规划设计不合理。此外，还有部分工作人员在设计的时候不依靠勘察资料，仅仅凭借经验对工程进行设计，常常在没有了解具体情况的时候就开始设计，这样势必会导致大量不合理的现象出现，不仅不能够实现农田水利工程高效节水灌溉，而且还会增加工程设计的成本。
2 存在重建设轻管理的现象
随着政府相关部门对节水灌溉工程重视程度的不断提高，相关部门也加大了对设计阶段和施工阶段质量的控制力度，无论是领导班子还是相关的施工部门，对建设中可能存在的问题都给予了全面的分析和控制，甚至有些领导还会亲临施工现场监督施工情况。但是，当节水灌溉工程一旦建设成功，实际投入使用的时候，就会出现无人管理的现象，这种现象在农田水利工程建设中是极为普遍的。正是由于这种重建设轻管理的现象，从而导致节水灌溉工程从投入使用的那一天，其所发挥的作用便逐渐降低，最后导致无法正常使用。造成这种现象的原因，主要是由于节水灌溉工程的产权不够明晰，缺乏行之有效的管理方法和配套资金。如果想要将这种现象有效解决，相关部门就必须进一步明确节水灌溉工程的产权，并根据工程使用的实际情况制定行之有效的管理制度，并确保每项制度能够切实落实。
3 种植结构不合理
随着我国农村经济发展脚步的不断加快，帮助农民增产增效也成为了相关部门的一项重要工作，在此项任务的推动下，节水灌溉工程应运而生，其主要任务就是通过对经济效益的提升，从而提高农民的收入。在节水灌溉工程的使用过程中，人们对种植方式的观念仍然局限在传统的层次上，依旧以春天种玉米，秋天种小麦的形式为主，即使有部门进行高效农业生产，但是其覆盖面却仍然较小，从而导致节水灌溉工程的作用无法最大限度的发挥出来，农民的整体收入也得不到明显提升。这种情况下，相关部门就必须要对种植结构进行调整，要从根本上改变农民对种植的观念，做好新种植形式的宣传和推广工作，真正将种植结构进行优化与完善。只有这样，才能够将节水灌溉工程的作用发挥出来，从而在真正意义上提高广大人民群众的收入，促进新农村建设的发展脚步。