(1) 健全其管理体系，使得工程的管理水平有质的飞跃。为达到农田水利工程建设的规划具有合理性、施工质量具有优质性、工程管理具有科学性，应当具备一整套健全的水利工程建设管理体系。同时还必须有一个完整的工程质量监督管理制度，从上到下，齐抓共管，以保证农田水利的质量合格优秀，创造出更多的经济效益和社会效益。
(2) 建立并且健全水利工程的规划、审批制度。规划是农田水利工程建设得以实施的基本前提，是保证水利工程建设完满完工、资源得到充分利用的基础依据。因此，需要一整套健全的规划、审批制度，严格按照调查分析、规划申请、审核实施的工作程序，经过县级、市级到省级的层层把关，努力做到工程的规划合理科学。
(3) 创建工程施工的准入证制度以及对工程进行监管的制度。施工准入证制度和工程全程监管制度的实施，有利于保证工程的质量，进一步提高资金的使用效益。